میکروبیولوژی آب رودخانه ها با ارگانیسم ها و مواد غذایی موجود در جریانات آب های سطحی آغاز می گردد. سیانوباکتر ها که دارای توانایی تثبیت نیتروژن گازی از اتمسفر هستند٬ خیلی کند رشد می کنند و از نور خورشید و مواد مغذی کم٬ مواد آلی تهییه می کنند. سیانوباکتر ها اغلب رشد جلبک های سبز را تشدید می کنندو به همراه آنها٬ رشد قارچ را نیز افزایش می دهند و گلسنگ هایی را ایجاد می کنند که بر روی صخره ها می رویند.

غلظت مواد آلی موجود در آب رودخانه ها٬ رشد باکتری ها٬ قارچ ها و اکتینومیست ها را محدود می کند.

مواد آلی برای تولید ۱ میلی گرم٬ توده سلولی باکتری٬ ۶/۳۱ ژول انرژی تولید می کنند.

رشد جلبک با قابلیت دسترسی به فسفات و نور خورشید محدود می شود. جلبک ها از دی اکسید حاصل از متبولیسم باکتری ها به عنوان منبع  کربن برای توده سلولی خود استفاده می کنند. رشد آنها به دلیل ایجاد مواد آلی جدید در آب حائز اهمیت است. توده سلولی جلبک ها به حفظ محیطی مناسب برای رشد مطلوب سایر اشکال ارگانیسم های آبزی بزرگ تر٬ کمک می کند.رشد بروتوزوئر ها و روتیفر ها 

توسط باکتری ها و جلبک های موجود٬ محدود می گردد. در صورتیکه تعداد زیادی باکتری در آب روخانه براکنده شده باشد٬ بروتوزوئر ها به راحتی می توانند رشد کنند.